Meskipun memiliki jumlah mahasiswa yang banyak, namun perguruan tinggi Indonesia tertinggal dalam hal publikasi ilmiah dibandingkan dengan negara-negara lain di Asia Tenggara. Lemahnya kemampuan menulis dalam bahasa Inggris ditenggarai sebagai salah satu faktor penyebab rendahnya kualitas publikasi ilmiah Indonesia.
Berdasarkan kutipan jurnal ilmiah Google Scholar pada tahun 2015, Universitas Gadjah Mada menempati urutan pertama di antara universitas-universitas di Indonesia yang paling banyak menerbitkan publikasi ilmiah, berjumlah 16.809 publikasi. disusul Institut Teknologi Bandung (ITB) dan Universitas Indonesia (UI) masing-masing di peringkat kedua dan ketiga dengan jumlah publikasi sebanyak 13.651 dan 10.612. Namun, jumlah tersebut masih jauh di bawah universitas-universitas lainnya yang ada di kawasan Asia Tenggara.
Chulalongkorn University dan Mahidol University, keduanya dari Thailand, menerbitkan masing-masing sebanyak 40.030 dan 36.948 publikasi. Dua universitas dari Malaysia, yaitu Universiti Sains Malaysia dan University of Malaya, menerbitkan masing-masing sebanyak 89.405 dan 67.971 publikasi. Sementara, Singapura menempati urutan teratas, di mana dua universitasnya, yaitu National University of Singapore dan Nanyang Technological University menerbitkan masing-masing 419.702 dan 198.105 publikasi.
Ketua Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia (AIPI) Sangkot Marzuki dalam sebuah wawancara dengan thejakartapost.com baru-baru ini mengatakan, kurangnya pengalaman dalam penerbitan jurnal ilmiah merupakan salah satu permasalahannya. Marzuki lebih lanjut mengatakan, kemampuan menulis dalam bahasa Inggris merupakan hal yang penting dalam menulis jurnal ilmiah; Namun, mahasiswa tetap harus membiasakan diri untuk mengelaborasi ide-ide mereka dan mengekspresikannya melalui tulisan.
Ketika ia ditanya apakah Indonesia saat ini memerlukan lembaga-lembaga pasca-sarjana berbahasa Inggris seperti di negara-negara Asia lainnya, Marzuki mengatakan bahwa hal itu mungkin dapat menjadi alternatif pilihan tetapi kemungkinan akan berbenturan dengan masalah nasionalisme.