Pendidikan Islam melalui Pondok Pesantren Indonesia telah mengalami perubahan yang sangat progresif dan begitu berkembang. Hal ini diungkapkan oleh Guru besar Univesitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Azyumardi Azra, dalam The Jakarta Workshop on Promoting Cross Cultural Educational Exchanges in ASEAN. Azyumardi mengatakan, pesantren juga mengalami perubahan, tidak seperti yang dibayangkan dahulu pesantren yang erat kaitannya dengan keterbelakangan.
Ia menjelaskan jika sebelumnya dari segi bangunan pesantren terkenal hanya dengan bilik-bilik, kini bangunan pesantren sudah sangat megah dan modern. Hal ini menimbulkan kebanggaan, bahwa lembaga pendidikan islam tidak butut dan tidak kumuh. Sekarang pesantren tidak diasosiasikan keterbelakangan, tapi pendidikan 24 jam dan dengan berbagai ilmu, karena pesantren itu di bawah pengawasan pemerintah lewat Kementerian Agama.
Dari segi substansif pendidikan di pesantren juga mengalami perkembangan yang sangat baik. Hal ini menurut Azyumardi juga didukung oleh banyaknya Perguruan Tinggi Islam baik Negeri maupun Swasta. Banyaknya lulusan sarjana dari perguruan tinggi islam di Indonesia yang kembali mengajar di pesantren, menurut dia membawa banyak perubahan paradigma dan pendekatan terhadap pendidikan di pesantren.
Dia menjelaskan, bahwa kini di pondok pesantren tidak hanya ditemukan pendidikan agama seperti madrasah, tapi juga sekolah umum, bahkan beberapa juga memiliki sekolah untuk kejuruan. Bahkan beberapa juga memiliki lembaga ekonomi dan kesehatan sendiri. Ia menambahkan, pesantren itu sekarang menjadi ‘Holding Institution’, mulai yang murni agama, maupun yang bersifat umum, di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.