Akses sanitasi sekolah belum menjadi prioritas penyediaan fasilitas belajar bagi siswa. Berdasarkan data pokok pendidikan (Dapodik) 2016, hanya 22 persen sekolah dasar (SD) di Indonesia dengan kondisi baik. Direktur Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Hamid Muhammad mengatakan, kondisi fasilitas SD, hanya satu dari empat SD dilaporkan berada dalam kondisi baik.
Ia menjelaskan, persoalan air bersih, sanitasi dan kesehatan masih menjadi persoalan di sekolah-sekolah. Ia merinci, berdasarkan data Kementerian Kesehatan, hanya 12 persen anak berusia 5-14 tahun mencuci tangan menggunakan sabun setelah buang air besar. Selain itu, sekira 14 persen anak di Indonesia mencuci tangan dengan sabun sebelum makan. Sementara 35 persen, anak-anak menggunakan sabun setelah makan.
Sementara berdasarkan Dapodik 2016, rerata rasio jamban di sekolah yakni, satu jamban untuk 90 siswa. Padahal, berdasarkan peraturan menteri pendidikan pendidikan Nomor 24 Tahun 2007, mensyaratkan rasio satu jamban untuk 60 siswa laki-laki, serta satu jamban untuk 50 siswa perempuan. Selain itu, hanya 65 persen sekolah di Indonesia punya jamban terpisah untuk laki-laki dan perempuan.